Меценатская деятельность Шухова не была демонстративной, но отличалась системностью. Будучи технократом, он верил, что материальный прогресс должен дополняться нравственным.
Особое внимание он уделял поддержке православных монастырей, видя в них оплоты культуры и милосердия. Например, в 1890-х годах Шухов безвозмездно спроектировал систему отопления и вентиляции для Свято-Данилова монастыря в Москве, что позволило сохранить древние фрески и улучшить условия жизни монахов.
Позже он участвовал в реставрации Успенского собора в Курске, где применил инновационные методы укрепления фундамента.
Не оставались без внимания и социальные учреждения. Шухов жертвовал средства на приюты для сирот, финансировал строительство школ в провинции, а во время Первой мировой войны организовал мастерские при госпиталях, где раненые солдаты обучались ремёслам.